华东师范大学学报(自然科学版)

作者：李鹏飞, 王美婷, 梅晔

单位：李鹏飞,男,博士研究生,研究方向为计算生物物理.E-mail:alan.pengfeili@stu.ecnu.edu.cn.

关键词：溶剂化自由能,氨基酸侧链类似物,平衡态动力学模拟,非平衡态动力学模拟,

基金：国家自然科学基金（21773066）

着眼于13个中性氨基酸侧链类似物在水中的溶剂化自由能的计算，来比较两种计算自由能的平衡态动力学模拟和非平衡态动力学模拟方法在高性能计算机上的表现.研究发现，利用非平衡态动力学模拟来计算自由能除了在准确度上和平衡态动力学模拟的计算一致之外，在计算效率和实际所需时间上，非平衡方法计算效率更高，实际所需时间更少.

来源：2019年第1期

《华东师范大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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